來料加工貿易和進料加工的這兩種加工貿易的共同之處在于原材料和元器件來自國外，加工后成品也銷往國外市場。但兩者有本質上的區別：

進料加工貿易中，進口料件和出口成品是兩筆獨立的交易，進料加工的企業需自籌資金從國外購入料件，然后自行向國外市場銷售，而裝配加工貿易則進、出為一筆交易的兩個方面料件和成品的所有權均同委托方所有，承接方無需支付進口費用也不承擔銷售風險。

進料加工貿易中，企業所獲得的是出口成品的利潤，利潤的大小取決于出口成品的市場行情、而加工裝配貿易，承接方收取的是工繳費，工繳費的大小以勞動力的費用，即工資水平作為核算基礎。兩者相比，進料加工貿易的收益大于加工裝配貿易，但風險也較大。

進料加工貿易，企業有自主權，根據自身的技術、設備和生產能力，選擇市場上所適銷商品進料加工。而加工裝配貿易，則由委托方控制生產的品種、數量和銷售地區。