根據上述職責，市對外貿易經濟合作局（市口岸局）設10個內設機構：

（一）辦公室。

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔保密、信訪、政務公開、辦公自動化、督辦等工作。負責局機關安全保衛、行政、后勤管理、駐外辦事處和物業管理。審核境外非企業經濟組織在本市設立常駐代表機構工作；參與全市性對外經貿和口岸的重要外事活動；組織本局外事活動、重要來賓的接待工作和對外交流工作。

（二）政策法規綜合科。

承擔有關規范性文件的合法性審核；承辦有關行政復議和行政應訴工作；依法承擔對經營者集中行為的調查及其他反壟斷相關工作；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；承擔協調牽頭整頓和規范外經貿市場秩序的相關工作；承擔本局的法制宣傳教育工作；負責反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等涉及進出口公平貿易的相關工作；負責組織依法行政執法檢查和執法責任制檢查工作，推進依法行政和依法治貿工作；負責重要和綜合性文件的起草、政務信息的綜合上報、新聞報道、外經貿信息網站建設職能。

（三）規劃財務科。

負責編報和組織實施外經貿發展戰略、中長期發展規劃和外貿年度指導性計劃；會同有關部門貫徹落實涉及外經貿的外匯、財稅、金融、價格、保險等政策，監測、統計、分析對外貿易宏觀運行情況；會同有關部門管理專項資金；負責局機關財務管理、直屬單位財務檢查和內部審計工作。

（四）對外貿易發展科。

牽頭擬訂國際（境外）市場開拓規劃；推廣電子商務等新型貿易方式；承擔協調促進外向型民營企業發展的相關工作；推進出口市場多元化戰略的實施；指導和監督境內對外經貿交易會、展覽會以及赴國（境）外舉辦展銷會、洽談會等活動；協調指導對臺貿易工作；會同有關部門擬訂促進服務貿易進出口政策、規劃并組織實施；承擔服務貿易進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計工作；負責處理市貿促支會和國際商會的日常工作。

（五）對外貿易管理科（市機電產品進出口辦公室）。

組織實施進出口商品目錄；承擔進出口企業經營資格及國際貨運代理資格備案工作；審核企業申請限制類商品進出口經營資質；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品（除糧食、棉花外）進出口計劃以及進出口商品配額、關稅配額計劃；審核有關進出口許可證事項；協調供應港澳的配額商品工作；審核機電產品自動進口工作；辦理授權的有關進出口許可事項；承擔推動機電產品開拓國際市場的相關工作；組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；協調促進高新技術和自主品牌企業開拓國際市場；組織落實優化高新技術產品進出口結構等工作。負責對外經濟合作工作，處理對外經濟合作重大事件；指導和監督對外承包工程、勞務合作以及境外投資工作。

（六）外資與加工貿易管理科。

參與制定本市外商投資的發展戰略、中長期規劃、年度指導計劃并組織實施；參與擬訂外商投資政策和管理規章；會同有關部門擬訂并組織實施服務外包發展規劃和政策；承辦限額以內不需綜合平衡管理的鼓勵類、允許類外商投資項目登記備案與合同、章程的合并辦理工作；依照有關規定核準或審核外商投資項目合同章程及法律特別規定的重大變更事項；核發外商投資企業、港澳臺投資企業批準證書及權限內鼓勵類外商投資項目確認證書；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規和合同、章程的情況并協調解決有關問題；承擔外商投資統計工作；組織協調有關部門對外商投資企業進行聯合年檢；負責核準權限內的加工貿易業務；指導、管理外商投資企業與加工貿易企業的進出口工作；編報和組織實施外商投資企業和加工貿易企業涉及國家實行配額、許可證管理的進出口商品計劃；承擔加工貿易統計工作，協調解決外商投資企業投訴有關問題；會同有關部門督促檢查市直外商投資企業安全生產工作。

（七）外商投資促進科。

負責協調和指導本市對外招商引資、投資促進工作；參與制定本市促進外商投資規劃和改善投資環境的政策措施；編制對外招商計劃和招商目錄，建立完善招商項目庫；指導和協調引資和投資促進工作；擬訂本市對外招商引資計劃，組織實施重大項目對外招商；負責與境外投資促進機構聯系交流。

（八）口岸綜合科。

組織指導開展共建社會主義精神文明口岸活動。負責口岸物業管理和后勤保障；負責對口岸建設資金提出分配、使用意見；負責口岸計算機網絡管理和監督工作；負責口岸業務數據、信息資料統計工作。

（九）陸空口岸科。

負責一、二類口岸的現場管理及倉儲管理；負責協調、處理口岸檢查檢驗單位之間的關系；負責擬訂一、二類口岸建設發展規劃并組織實施；負責組織陸空口岸查驗方法和監管模式的改革。

（十）人事科（與系統黨委辦公室、監察室合署）。

負責局機關及指導直屬單位的機構編制、干部人事管理和綜合治理工作；負責局機關人員的工資、醫療保險和計劃生育管理工作；承辦因公出國（境）護照、通行證等相關手續；負責局機關和指導直屬單位離退休人員管理。

負責局機關及直屬單位的紀檢、監察工作；會同有關部門查處口岸重大涉外事件和嚴重違法違紀問題。負責局機關和外經貿系統黨的組織、宣傳等黨建工作；協調系統工會、共青團、婦女工作。