1542年：葡萄牙人隨明船漂流至種子島。鐵炮的傳入。

1550年：葡萄牙船第一次進港平戶。

1552年：葡萄牙傳教士阿魯梅達（Luís de Almeida）來日。

1561年：平戶發生宮前事件。

1562年：葡萄牙船離開平戶，大村純忠應葡萄牙人的要求將橫瀬浦開港。有馬義貞（大村純忠之兄）將口之津作為貿易港開港。

1563年：7月6日3艘葡萄牙船進港橫瀨浦。葡萄牙傳教士弗洛伊斯來日。橫瀬浦被后藤貴明（純忠的義弟）襲擊、燒毀。

1564年：葡萄牙船自橫瀨浦返回平戶。

1565年：葡萄牙船離開平戶前往大村領的福田港。福田港開港。

1570年：大村純忠同意長崎開港。

1575年：長筱之戰，鐵炮隊的威力發揮。

1576年：京都南蠻寺建立。

1580年：大村純忠將領地內的長崎獻給耶穌會。

1582年：天正遣歐少年使節從長崎港起航。

1585年：遣歐使節謁見羅馬教皇。

1589年：豐臣秀吉取締耶蘇教、放逐宣教師至長崎、京都南蠻寺燒毀。

1590年：7月21日天正遣歐少年使節歸來長崎。

1596年：西班牙船圣·菲力號（San Felipe）漂流至土佐浦戶（圣·菲力號事件）。

1597年：日本二十六圣人殉教。

1598年：豐臣秀吉病歿。

1600年：關原合戰。荷蘭船Liefde號漂至豐后。英國人威廉·亞當斯來日。

1605年：長崎成為幕府的直轄地（天領）。

1609年：2艘荷蘭船進港平戶。平戶設置荷蘭商館。西班牙船圣法蘭西斯可號（San Francisco）遇上臺風漂流至上總。

1610年：1月葡萄牙船Madre de Deus號在長崎被有馬晴信攻擊沉沒。德川家康派遣京都商人田中勝介到新西班牙。

1612年：岡本大八事件、9月幕府發布天主教禁教令。

1613年：伊達政宗派遣家臣支倉常長前往羅馬。從奧州月之浦（今石卷市）出帆。英國船第一次進港平戶。平戸設置英國商館。

1615年：支倉常長謁見羅馬教皇。

1616年：6月1日德川家康病歿。9月18日幕府禁止基督教，限定唐船以外的外國船只能到平戸、長崎。

1620年：9月22日支倉常長經馬尼拉回國。

1622年：元和大殉教。

1623年：平戶英國商館關閉。

1624年：禁止西班牙船來航。

1628年：7月幕府關閉平戶荷蘭商館、船扣留（濱田彌兵衛事件），來航的葡萄牙船也被扣留。

1632年：日荷貿易恢復。

1634年：德川家光命令在長崎出島筑造葡萄牙人收容所。

1635年：7月幕府發布鎖國令，禁止日本人出入國。限制唐船只能到長崎。

1636年：長崎出島完成。強制收容葡萄牙人家族。10月德川家光放逐287個混血兒到澳門。

1637年：爆發島原之亂。

1638年：島原之亂平定。

1639年：禁止葡萄牙船來航。英國、荷蘭人的妻子遭放逐到巴達維亞。

1641年：平戶荷蘭商館轉移到長崎出島。