自由貿易區內允許外國船舶自由進出，外國貨物免稅進口，取消對進口貨物的配額管制，也是自由港的進一步延伸，是一個國家對外開放的一種特殊的功能區域。

自由貿易區除了具有自由港的大部分特點外，還可以吸引外資設廠，發展出口加工企業，允許和鼓勵外資設立大的商業企業、金融機構等促進區內經濟綜合、全面地發展。自由貿易區的局限在于，它會導致商品流向的扭曲和避稅。如果沒有其他措施作為補充，第三國很可能將貨物先運進一體化組織中實行較低關稅或貿易壁壘的成員國，然后再將貨物轉運到實行高貿易壁壘的成員國。為了避免出現這種商品流向的扭曲，自由貿易區組織均制訂u201c原產地原則u201d，規定只有自由貿易區成員國的u201c原產地產品u201d才享受成員國之間給予的自由貿易待遇。理論上，凡是制成品在成員國境內生產的價值額占到產品價值總額的50%以上時，該產品應視為原產地產品。一般而言，第三國進口品越是與自由貿易區成員國生產的產品相競爭，對成員國境內生產品的增加值含量越高。原產地原則的涵義表明了自由貿易區對非成員國的某種排他性。現實中比較典型的自由貿易區如北美自由貿易區（North America Free Trade Area）。