現有民辦高等教育機構人才培養模式改革還存在一些問題與不足，主要表現在以下三個方面：

1、生源減少導致民辦高等教育機構的生存壓力驟增。對絕大多數民辦高等教育機構而言，學費收入是辦學經費的主要或全部來源，充足的生源是其生存的基礎。21世紀初，我國高中畢業生人數出現下降趨勢，高校之間的生源競爭趨于激烈，民辦高等教育機構生源減少的問題已明顯顯現，這對其生存帶來巨大壓力。

2、民辦高等教育機構在人才培養方面的投入不足。人才培養是高等學校的根本任務和中心工作，但由于種種原因，民辦高等教育機構在教學經費上投入不足。不少民辦高等教育機構的辦學條件及教學實訓條件急需補充和更新。同時，學校領導、管理者在教學上投入的精力不足。

3、教師隊伍建設滯后成為制約民辦高等教育機構發展的瓶頸。多數民辦高等教育機構的教師隊伍專職教師少，兼職教師比例過高。少數民辦高等教育機構已逐步建立起自有的師資隊伍，多數學校仍實行專兼結合，兼職為主的教師聘用制度。