根據上述職責，滄州市商務局（滄州市招商合作局）設13個內設機構：

（一）辦公室（滄州市商務應急管理辦公室）

（二）財務科

（三）政策法規科（滄州市進出口公平貿易和產業損害調查局）

（四）市場體系建設與運行調節科

（五）商貿服務管理科

（六）滄州市酒類監督管理局（滄州市調味品管理辦公室）

（七）畜禽定點屠宰監督管理科

（八）對外貿易科（滄州市機電產品進出口辦公室）

（九）外國投資管理科

（十）對外投資和經濟合作科（臺港澳科）

（十一）綜合科

（十二）招商引資科

（十三）項目合作科（開發區管理科）