根據上述職責，莆田市城廂區對外貿易經濟合作局設4個職能科室。

（一）辦公室

綜合協調局機關和直屬單位工作，督促重大事項的落實；承擔局機關文電、會務、接待、機要、保密、檔案、信訪等日常運轉工作；負責局機關財務、資產管理、政府采購和其他后勤保障工作；負責局機關和直屬單位機構編制、人事管理教育培訓等工作；負責局機關和直屬單位的黨群、工會、紀檢、效能、綜治、文明、安全生產等工作；承辦計生政策落實和督查工作；承辦局機關和直屬單位離退休干部工作；辦理局機關及直屬單位人員經貿類出國（境）的有關手續。負責局機關規范性文件的審查和合法性審核；組織局機關綜合性文稿的起草；組織擬定我區外經貿發展戰略、規劃；監測分析我區外經貿運行狀況，研究提出相關對策建議；組織、參與起草我區外經貿有關政策、法規、規章和規范性文件；負責有關法律、法規和規章執行情況的調查研究；負責局機關行政復議、行政執法（包括實施行政許可）的監督和法規規章征求意見的協調工作，組織行政應訴和行政許可聽證；承擔有關統計及信息發布、牽頭負責政府信息公開工作；負責承辦整頓和規范外經貿經營秩序、外經貿領域信用建設工作；負責區政府WTO事務協調辦公室日常事務工作；負責協調與指導我區企業反壟斷應訴工作；牽頭組織績效考評工作等。

（二）對外貿易股

貫徹執行全區對外貿易發展規劃，落實有關財稅、金融、價格等政策，擬訂并組織實施外經貿促進政策， 承擔由省、市、區各類促進外貿發展專項資金的具體使用和管理工作；負責全區外經貿運行狀況的監測、預警、分析工作，承擔有關統計及信息發布工作；負責組織參加境內外國際性展覽會等貿易促進有關工作，實施我區出口品牌體系建設，協調指導企業開拓國際市場；負責對外貿易經營者備案登記、外國及港澳地區非企業經濟組織常駐代表機構設立及檔案管理等工作；指導企業參加出口商品配額招標；配合有關部門開展進出口動植物防疫、瀕危動、植物保護。負責指導、管理對臺港澳經貿促進工作，協調處理相關重大事項。貫徹執行加工貿易、服務貿易的法律法規和政策，擬訂推動加工貿易發展和轉型升級的有關政策措施并組織實施；負責全區加工貿易管理和權限范圍內的加工貿易業務審批；負責加工貿易統計與信息化工作。貫徹執行的法律法規和政策規定，擬訂并組織實施我區服務貿易的發展規劃、年度計劃和政策措施；承擔國際服務貿易促進工作，建立服務貿易促進體系，推動服務外包發展和平臺建設；負責技術進出口管理工作，承擔國際服務貿易的統計和分析。

（三）外資管理股

起草并組織實施我區吸收外資發展規劃和政策措施，指導協調外商投資有關工作；承擔外商投資企業設立、合同/章程及其變更事項的審核及檔案管理；依據授權進行限額下項目的審批；承擔對外招商引資活動，對全區重大項目進行跟蹤和促進；組織實施外商投資企業聯合年檢工作，依法監督檢查外商投資企業執行法律法規、規章和合同章程的情況并協調解決有關問題；負責全區外資運行狀況的統計分析及信息發布工作。指導開展投資環境測評工作，承擔區外資工作領導小組辦公室的日常工作。協調解決有關臺商投資管理問題；承辦我區與臺灣、香港、澳門經貿合作及促進等工作等。

貫徹執行對外經貿合作和對外投資的法律法規和政策規定，起草并組織實施我區的發展規劃和管理規定；依法承擔對外勞務合作、境外就業、對外承包工程和對外援助的權益保護和監督管理工作；負責對外經濟合作的各項統計與分析，監督管理對外勞務派出機構；牽頭協調處理有關境外勞務、就業的突發事件；依法核準我區企業在境外設立企業和機構（不含金融性企業），管理和監督全區對外投資業務；負責對外投資統計分析及信息發布工作等。