根據上述職責，市商務局設11個職能科室。

（一）辦公室。組織協調機關日常工作;負責文電、會務、接待、機要、檔案、保密等工作;負責計生、后勤管理和離退休人員的管理、服務等工作；負責機關和所屬單位的維護穩定工作；受理、協調、督辦信訪事項。

（二）組織人事科。負責機關和所屬單位的黨務群團、機構編制、人事管理等工作；負責機關綜合性文稿的起草、信息調研、宣傳等工作。

（三）財務科。負責機關財務、勞資、國有資產管理工作；承擔有關商務綜合統計、分析、信息發布工作；負責本系統企業破產清算、困難企業遺留問題處理工作。

（四）商業貿易服務管理科。指導大宗產品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；承擔商貿服務業（含餐飲業、住宿業、國內展覽業、家政服務業）的行業管理工作；提出促進商貿中小企業發展的政策建議；擬定再生資源回收行業發展規劃、政策并組織實施，管理再生資源回收工作；指導流通企業改革、社區商業發展、流通領域節能降耗工作。

（五）流通管理科。負責擬定物流業發展政策，組織、規劃、協調、指導現代物流業相關工作；承擔重要生產資料流通和酒類流通管理工作；按規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通、舊貨流通等特殊流通行業進行監督管理；承擔報廢汽車回收（含拆解）行業的監督管理和汽車以舊換新工作；負責系統內安全生產監管工作。

（六）市場運行調節科。監測分析市場運行和商品供求狀況，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；按規定負責重要消費品（含肉類、食糖、小包裝食品等）儲備管理和市場調控的相關工作；負責調度節日市場供應工作；擬訂發展電子商務的政策和發展規劃，指導行業信息化建設工作。

（七）市場秩序科。承擔牽頭協調整頓和規范市場經濟秩序的相關工作，擬定規范市場運行、流通秩序的政策；推動商務領域信用體系建設，指導商業信用銷售；建立市場誠信公共服務平臺；參與組織打擊商業欺詐等工作；負責生豬屠宰業的監督管理，組織實施放心肉服務體系建設；負責商務綜合行政執法工作。

（八）外商投資促進與管理科。擬定全市吸引外資的發展戰略、規劃和政策并組織實施；組織實施全市產業招商工作和境內外重大外商投資促進活動；管理全市外商投資工作，參與擬訂全市外商投資產業指導目錄；按權限核準和審核外商投資企業的設立及變更事項；按權限核準和審核外商投資并購市內企業；指導、管理外商投資企業進出口工作。

（九）對外貿易管理科。擬定全市對外經貿發展戰略和各項政策、管理辦法并組織實施；承辦進出口商品配額投標企業資格的初審工作；按規定審核上報部分進出口商品配額及進出口許可證；承辦對外貿易經營者備案登記和國際貨運代理企業備案登記工作；指導監督交易會、洽談會等貿易促進活動和對外貿易促進體系建設；負責對全市外貿工作的考核工作。

（十）對外經濟合作與境外投資管理科。擬訂促進對外經濟合作的政策和全市u201c走出去u2019u2019發展規劃、政策并組織實施；依法管理和監督對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務；審核上報對外承包工程經營資格、對外勞務合作經營資格；承辦對外勞務合作項目的審查備案工作；按規定負責外派勞務和境外就業人員的權益保護工作；依法審核上報市內企業對外投資開辦企業（金融企業除外）；組織實施境外各類資源開發、優勢產能轉移、跨國并購等境外投資合作工作；指導協調境外經貿合作區建設有關工作。牽頭擬訂促進服務外包發展的規劃、政策并組織實施，推動服務外包平臺建設。

（十一）機電產品進出口管理科。擬訂機電產品進出口發展規劃、政策并組織實施；維護機電產品進出口秩序；組織企業開拓機電產品國際市場；監督、協調全市機電產品國際招標投標工作。