根據上述職責，肇慶市對外貿易經濟合作局設11個內設機構：

n（一）肇慶市對外貿易經濟合作局辦公室。

n協助局領導組織協調機關政務工作，負責擬訂局機關工作制度并督促落實；承擔有關規范性文件的合法性審核；負責行政復議、行政訴訟應訴工作；負責公文處理、秘書業務、辦公自動化、新聞報道、機要保密、文印通信、檔案管理、督辦等工作；負責局機關的物業管理和后勤服務工作。

n（二）肇慶市對外貿易經濟合作局對外貿易管理科。

n參與制訂本市對外貿易發展戰略和體制改革方案；協調供應港澳的配額商品工作；負責推進出口市場多元化戰略的實施；申辦和組織赴國外舉辦展覽會、洽談會；為境內的對外經貿交易會、展覽會等提供協調服務；負責指導協調促進外向型民營企業發展的相關工作；負責指導協調對臺貿易；參與農產品出口的協調管理；組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；會同有關部門起草有關地方性法規、規章草案，負責組織協調反傾銷、反補貼、反壟斷、保障措施及其他進出口公平貿易相關工作，依法組織產業損害抽查及其他貿易救濟措施，指導協調國外對本市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施的應訴工作。

n（三）肇慶市對外貿易經濟合作局機電產品進出口辦公室。

n擬訂全市機電產品進出口的中長期發展規劃和年度指導性計劃并組織實施；管理機電產品進口目錄、編報和執行機電產品配額的年度進口方案；負責本市機電產品國際招標投標的監督、協調工作；負責宣傳、貫徹國家機電產品出口政策和財政資助的機電出口產品、技術更新改造和研發等項目申報、驗收和管理的組織工作；組織科技興貿專項資金的申報和實施跟蹤管理；負責組織推動本市機電產品、高新技術產品出口國際市場開拓工作；辦理授權的許可事項和相關審核工作。

n（四）肇慶市對外貿易經濟合作局外商投資促進科。

n負責協調和指導本市招商引資、投資促進工作；收集和編印本市招商項目、投資指南，組織實施重大項目對外招商；參與組織重大經貿洽談活動及專項推介活動；定期跟蹤和分析招商引資項目情況、外商投資情況并向上級部門報送有關項目動態和提出相關建議；負責信息化建設和管理工作，負責網絡資料的收集、更新、網站維護及網上推介、洽談活動。

n（五）肇慶市對外貿易經濟合作局外商投資管理科。

n參與制訂本市外商投資的發展戰略，中長期規劃和年度指導性計劃；依照有關規定審批或核報國家規定限額的外商投資項目的立項及其合同、章程以及外商投資項目的變更、終止；核發外商投資企業批準證書和進口設備減免稅確認書；參與制訂和實施各類開發區的發展戰略和政策措施，綜合協調和指導各類開發區的規劃、建設和管理工作；協助聯系和管理駐市政府行政服務中心外經貿窗口工作。

n（六）肇慶市對外貿易經濟合作局加工貿易管理科。

n宏觀管理加工貿易工作，核準管理權限內的加工貿易業務（含來料加工、進料加工業務）；編報和監督執行外商投資企業涉及國家實行配額許可證管理的進出口商品年度計劃；負責境外設立企業（機構）和對外經濟合作經營業務的核報與宏觀管理；協調處理外商投資企業的投訴和糾紛；承擔進出口貿易打私工作。

n（七）肇慶市對外貿易經濟合作局口岸科。

n擬定全市口岸建設發展規劃和管理辦法并組織實施；指導縣（市、區）口岸工作部門的工作；會同有關部門檢查處理口岸各種涉外事件和違法違紀問題；組織和指導開展共建社會精神文明口岸活動。

n（八）肇慶市對外貿易經濟合作局發展計劃科。

n負責編報外經貿中長期發展規劃和年度進出口指導性計劃及部分進出口商品配額、年度計劃并協調組織實施；指導出口基地和出口生產體系項目的建設工作；負責對外經濟合作工作和對外援助工作，依法管理和監督對外承包工程、對外勞務合作，承辦外派勞務和境外就業人員權益保護的相關工作。

n（九）肇慶市對外貿易經濟合作局人事科（加掛老干科牌子）。

n負責局機關及指導直屬單位的機構編制、干部人事管理和培訓教育工作；負責局機關和指導直屬單位離退休人員的管理工作，協助局關工委做好局機關及直屬單位職工子女青少年的教育工作；負責局機關人員的工資、福利、醫療、保險和人口與計劃生育的管理工作；負責辦理局機關工作人員出國（赴港澳）政審及局領導的半年多次往返港澳通行證簽證；協調和指導市外貿幼兒園的工作。

n（十）肇慶市對外貿易經濟合作局財會科。

n負責局機關財務收支和會同有關科室管理機關財產工作；負責外經貿行業財會信息匯編、分析工作；負責外經貿出口退稅的管理、監督，協助打擊出口騙稅；會同有關部門研究，落實涉及外經貿的外匯、稅收、信貸、價格、保險等政策。

n（十一）肇慶市對外貿易經濟合作局黨委辦公室。

n負責局機關及直屬單位的黨務、紀檢、監察工作和政治思想教育工作；負責普法和法制宣傳工作；負責黨風廉政建設、精神文明建設和指導工、青、婦工作。