1、代理報關企業具有有關部門認可的外貿倉儲運輸、國際運輸工具、國際運輸工具服務和代理等業務經營權，是兼營報關服務業務的企業。代理報關企業是歷史沿襲而成的，如外運、外代公司等。只有代理企業承包的貨物進行報關業務。

2、專門報關企業沒有進出口經營權，沒有國際運輸代理權，是專門受出口貨物經營單位、運輸工具負責人和他們的代理人的委托辦理申請手續的企業。它符合海關鼓勵的報關專業化、社會化發展的方向。