海關實施查驗可以是徹底查驗，也可以是抽查。查驗操作可以分為人工查驗和設備查驗。海關可以根據貨物情況以及實際執法需要，確定具體的查驗方式。
    人工查驗包括外形查驗、開箱查驗。外形查驗是指對外部特征直觀、易于判斷基本屬性的貨物的包裝、運輸標志和外觀等狀況進行驗核；開箱查驗是指將貨物從集裝箱、貨柜車箱等箱體中取出并拆除外包裝后對貨物實際狀況進行驗核。
    設備查驗是指利用技術檢查設備為主對貨物實際狀況進行驗核。
    一、徹底檢查檢查，既對貨物逐件開箱（包）查驗，對貨物品種、規格、數量、重量、原產地貨物狀況等逐一與貨物申報單詳細核對。
    二、抽查，即按一定比例對貨物有選擇地開箱抽查，必須卸貨。卸貨程度和開箱（包）比例以能夠確定貨物的品名、規格、數量、重量等查驗指令的要求為準。
    三、外型檢驗，對貨物的包裝、標記、商標等進行驗核。外型查驗只能適用于大型機器、大宗原材料等不易搬運、移動。此外，海關還充分利用科技手段配合查驗，如，地磅和X光機等查驗設施和設備。
    海關查驗部門自查驗受理起，到實施查驗結束、反饋查驗結果最多不得超過48小時，出口貨物應于查驗完畢后半個工作日內予以放行。查驗過程中，發現有涉嫌走違規等事情的，不受此時限限制。