作為國家設在廣西口岸的進出關境監督管理機關，南寧海關建于1951年10月9日，為海關總署直屬正廳級海關，總部設在廣西壯族自治區首府--南寧。下設11個處級海關、11個緝私分局和現場業務處，另外正在籌備成立1個處級海關辦事處。總關機關內設19個部門、2個事業單位。目前，全關共有干部職工1710人，其中海關關員1224人，緝私警察486人。
南寧海關業務轄區為廣西壯族自治區行政區劃，關區海關分布點多、線長、面廣，隸屬單位與總關機關的距離在150-400多公里之間，沿邊海關與所轄的業務現場和監管點還有幾十甚至上百公里遠。
南寧海關業務種類齊全，涉及海、陸、空、內河等運輸方式的監管。關區共監管口岸26個，其中一類口岸14個、二類口岸8個、邊地貿口岸4個。另外，監管邊民互市貿易區（點）25個，臨時監管點2個。邊境進出通道多，沿海、沿邊、沿江可停靠卸貨點多、執法環境復雜，打私、監管任務較重。
南寧海關的職能是：依法對經廣西各口岸進出境的貨物、運輸工具、行李郵遞物品等進行監管；征收關稅和其它法定由海關征收的稅費；查緝走私；開展貿易統計并辦理其他海關業務。