(一)進料加工的關稅優惠主要有：
⑴專為加工出口而進口的料、件，海關按實際加工復出口的數量免征進口關稅、產品稅（或增值稅）。加工的成品出口，免出口關稅。
⑵進口直接用于加工出口成品而在生產過程中完全消耗掉的數量合理的角媒劑、催化劑、洗滌劑等化學物品，予以免稅。
⑶對用于加工成品必不可少的但在加工過程中并沒有完全消耗掉的仍有使用價值的物品和生產過程中產生的副次品邊角米，海關根據其使用價值分別估價征稅或酌情減免稅。
⑷由于改進生產工藝和改善經營管理而節余的料、件或增產的產品轉為內銷時，經海關審核，情況屬實，其價值在進口料、件總值百分之二以內并且總值在人民幣五千元以下的，可以免稅。
(二)進料加工的免證優惠：
進料加工項下的料、件，屬進口配額許可管理的，除羊毛、棉花、植物油用食糖外，免領貨物許可證，海關憑《登記手冊》和進口合同驗放；加工出口的成品，如屬出口許可證管理商品，應向海關交驗出口貨物許可證，海關憑證驗放。
(三)來料加工的關稅優惠和免證優惠主要有：
來料加工項下進口料、件，以及加工返銷出口產品，海關準予免領進出口貨物許可證，并對下列進口物資免征進口的關稅和進口環節稅驗放：
⑴外商提供全部或部分用于加工返銷出口的原材料、輔料、零部件、元器件、配套件和包裝物料；
⑵進口屬于加工裝配項目所必須的機器設備、產品檢驗儀器、安全和防治污染設備、裝卸設備；
⑶進口合理數量的用于安裝、加固設備的材料；
⑷進口直接用于企業加工生產出口成品而在生產過程中消耗掉的燃料油。
加工成品出口時，海關免征出口關稅。
(四)對外加工裝配業務中屬于外商不作價提供設備方式的，由加工貿易合同備案地海關辦理免稅手冊，核發手冊，口岸海關憑設備手冊驗放。