一、企業管理類
（一）、出口加工區報關單位注冊備案
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→三級審批—→注冊備案
2、所需提交單證：
（1）企業法人營業執照副本復印件（個人獨資、合伙企業或者
個體工商戶提交營業執照）；
（2）對外貿易經營者登記備案表復印件（法律、行政法規或者
商務部規定不需要備案登記的除外）；外商投資企業辦理注冊登記時，應當提交《中華人民共和國外商投資企業批準證書》；
（3）企業章程復印件（非企業法人免提交）；
（4）稅務登記證書副本復印件；
（5）銀行開戶證明復印件；
（6）組織機構代碼證書副本復印件；
（7）《報關單位情況登記表》、《報關單位管理人員情況登記表》
（8）其他與注冊登記有關的文件材料
（二）、報關員注冊備案
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→二級審批—→注冊備案—→制發報關員卡及報關員證
2、所需提交單證：
根據報關企業的申請和業務需要，核定企業報關員數量。由已在海關注冊登記的企業向海關提出申請，并提交下列單證：
（1）《報關員注冊申請書》；
（2）報關企業注冊登記證書；
（3）申請注冊人所屬企業的人事證明或用工勞動合同；
（4）申請注冊人有效的身份證件；
（5）報關員資格證書；
（6）海關需要的其他文件。
另附１寸彩照３張，２寸彩照２張；
（三）、報關單位注冊登記延續（換證）
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→三級審批—→海關批注、換發《報關注冊登記證書》
2、所需提交單證：
（1）企業法人營業執照副本復印件（個人獨資、合伙企業或者
個體工商戶提交營業執照）；
（2）對外貿易經營者登記備案表復印件（法律、行政法規或者
商務部規定不需要備案登記的除外）；
（3）《中華人民共和國外商投資企業批準證書》、《中華人民共和國臺、港、澳、僑投資企業批準證書》復印件（限外商投資企業提交）；
（4）《報關單位情況登記表》；
（5）《報關員情況登記表》（見附件）（無報關員的免提交）；
（6）《報關單位管理人員情況登記表》。
（四）、報關員注銷
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→二級審批—→注銷
2、所需提交單證：
報關員所在單位向海關提出解除聘用該報關員的申請、報關員資格證書、報關員證、報關員條型碼卡。
（五）、出口加工區企業外商長駐人員進口自用物品的審批
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關二級審批—→制做關封交企業到進口地海關辦理有關手續
2、所需提交單證：
（1）進出境自用物品申請表；
（2）申請報告、聘用書、保函、有效身份證件；
（3）所申請減免稅物品清單

二、通關類
1、作業流程：
（1）、實際進境通關：
A：提前報關轉關模式：填制進境貨物備案清單—→辦理轉關運輸申報手續—→口岸海關辦理轉關運輸手續—→審單中心審核—→主管海關接單審核—→卡口查驗—→核銷口岸海關簽發的轉關聯系作業單、單證放行—→實物放行—→結關退單
B：直通式轉關模式：口岸海關辦理直通式轉關運輸手續—→填制進境貨物備案清單—→審單中心審核—→主管海關接單審核—→卡口查驗—→核銷口岸海關簽發的轉關聯系作業單、單證放行—→貨物實物放行—→結關退單
（2）、實際出境通關：填制出境貨物備案清單—→審單中心審核—→主管海關接單審核—→卡口查驗—→審核轉關電子數據，向口岸海關簽發轉關聯系作業單，制作關封，對監管車輛進行施封—→貨物實物放行—→貨物在口岸離境—→結關退單
（3）、國內貨物進區通關：區內企業填制進境貨物備案清單、區外企業填制出口報關單—→審單中心審核—→主管海關接單審核—→卡口查驗放行—→結關退單
（4）、區內貨物內銷（含邊角料內銷）：區內企業填制出境貨物備案清單、區外企業填制進口報關單—→審單中心審核—→主管海關接單審核—→打印稅單—→區外企業繳納稅款—→卡口查驗放行—→結關退單
2、所需提交單證：報關單、進出口許可證件、商業和運輸單證如提單、運單、商業發票、裝箱單及海關認為必要時交驗的訂貨合同、《原產地證書》等有關單證或資料，準予保稅、緩稅或減免稅的批準證件，如《加工貿易手冊》、《進出口貨物征免稅證明》等，以及其他海關認為所需要的單證。

三、加工貿易類
（一）、電子帳冊備案
1、作業流程：企業準備有關材料—→管委會審批—→海關受理單證—→三級審批—→電子帳冊備案
2、所需提交單證：
（1）《出口加工區報備申請表》；
（2）《加工貿易加工企業生產能力證明》；
（3）《進口料件申請備案清單》、《進口設備備案清單》、《出口成品備案清單》、《單耗報備申請表》；
（4）《出口加工區加工貿易批準證》。
（二）、電子帳冊變更
1、作業流程：企業準備有關材料—→管委會審批—→海關受理單證—→二級審批—→電子帳冊變更
2、所需提交單證：
（1）《出口加工區變更申請表》；
（2）《進口料件變更申請表》、《進口設備變更申請表》、《出口成品變更申請表》、《單耗報備申請表》；
（3）《出口加工區加工貿易批準證》。
（三）、電子帳冊核銷
預報核：
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→三級審批—→預報核核銷
2、所需提交單證：《預報核申情表》、核銷期內進出口貨物備案清單正本。
正式報核：
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→下廠核查（海關認為需要時）—→三級審批—→海關核銷
2、所需提交單證：《電子帳冊報核申請表》、《進出口情況明細清單》、《報核電子帳冊料件核銷核算表》、《報核電子帳冊成品核銷核算表》、《電子帳冊本期余料申報數量登記表》、《電子帳冊本期廢料登記表》及其他海關要求的單證等。

四、綜合業務類
（一）、深加工結轉
1、作業流程：轉出企業申請—→出口加工區管委會批復—→向轉出企業所在地的出口加工區海關辦理海關備案手續—→轉入企業申請—→轉入企業其所在區管委會的批復（轉入其他出口加工區、保稅區等海關特殊監管區域的）或商務（外經貿）主管部門的批復（轉入出口加工區、保稅區等海關特殊監管區域外加工貿易企業的）—→向轉入企業所在地海關辦理海關備案手續—→貨物實際結轉—→分批或者集中辦理報關手續。
2、轉入企業、轉出企業應當按照以下規定辦理結轉計劃備案手續：
（1）轉入企業在《申請表》（一式四聯）中填寫本企業的轉入計劃，憑《申請表》向轉入地海關備案；
（2）轉入地海關備案后，留存《申請表》第一聯，其余三聯退轉入企業交轉出企業；
（3）轉出企業自轉入地海關備案之日起三十日內，持《申請表》其余三聯，填寫本企業的相關內容后，向轉出地海關辦理備案手續。轉出企業向海關遞交《申請表》的內容如果不符合海關規定的，海關應當當場或者在簽收《申請表》后五日內一次告知轉出企業需要補正的全部內容。不予受理的應當制發《海關行政許可申請不予受理決定書》，并告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。轉出企業、轉入企業應當重新填報和辦理備案手續;
（4）轉出地海關審核后，將《申請表》第二聯留存，第三聯、第四聯交轉出企業、轉入企業憑以辦理結轉收發貨登記及報關手續。
（二）、出口加工區企業模具外發加工
1、作業流程：企業申請—→海關受理單證—→三級審批—→交納保證金—→外發出區—→加工后回區—→退還保證金
2、所需提交單證：
（1）《出口加工區模具外發使用申請表》一式三聯（第一聯為審批聯、第二聯為卡口聯、第三聯為企業聯）；
（2）區內、外企業簽定的模具外發加工合同；
（3）模具清單及模具加工生產產品清單；
（4）模具進區時的原始報關單證及其他相關資料、模具的實物圖像資料；
（5）海關需要的其他單證。
（三）、出口加工區企業半成品外發加工
1、作業流程：企業申請—→海關受理單證—→三級審批—→交納保證金—→外發出區—→加工后回區—→退還保證金
2、所需提交單證：
（1）《出口加工區半成品外發加工申請表》一式三聯（第一聯為審批聯、第二聯為卡口聯、第三聯為企業聯）；
（2）區內、外企業簽定的半成品外發加工合同；
（3）半成品清單及半成品加工生產產品清單；
（4）海關需要的其他單證。
（四）、出口加工區內企業之間貨物結轉
1、作業流程：企業提交結轉申請—→海關審批確認—→企業之間交貨—→企業雙方辦結貨物的進出境報關手續
2、所需提交單證：《出口加工區內貨物結轉申請表》。此表一式三聯，第一聯海關備案部門留存；第二、三聯企業用于結轉報關；
（五）、設備、物品出區維修、檢測
1、作業流程：企業準備有關材料—→海關受理單證—→三級審批確認—→卡口驗放—→設備、物品出區—→維修、檢測完畢后進區（憑經卡口出區時批注的《出口加工區貨物出區維修檢測查驗聯系單》第三聯）
2、所需提交單證：
（1）企業的申請報告（注明出區維修、檢測期限）；
（2）維修、檢測貨物出區裝箱清單，需詳細填寫出區貨物的品名、規格、數量、金額、新舊程度；
（3）《出口加工區貨物出區維修檢測查驗聯系單》一式三聯，第一聯為備案聯，第二聯為卡口聯，第三聯為企業聯；
（4）出區設備物品的原進區單證，如進境備案清單、合同、發票、提單等海關所需資料。
（六）、無商業價值邊角料、廢品出區
1、作業流程：企業申請出區銷毀—→管委會和環保部門的批件—→海關三級審批—→卡口驗放—→廢物處理公司進行銷毀處理—→憑銷毀證明辦理核銷手續
2、所需提交單證：
（1）企業申請書；
（2）無商業價值廢料出區清單；
（3）出口加工區廢物處置（核銷）申報表。
廢物處理完畢后補提供以下單證，海關憑以核銷：廢物處理公司處置費發票、廢物處置核銷清單。