做進料加工，首先必須要去辦一個手冊，這是整個環節中最麻煩的，搞定了這個后面就比較簡單了。
一、辦理進料加工手冊：
1、到當地外經貿局查詢購買加工貿易管理系統軟件的電話或網址；
2、網上申請購買加工貿易管理系統軟件；
3、安裝好軟件后，按照進出口合同輸入申請表、進口料件清單、出口成品清單、出口成品及單耗這四張表格內容；
4、持進出口合同及以上輸的四張表格至外經貿局進行加工貿易合同的審批，審批后外經貿局會打印出加工貿易業務批準證、出口制成品及對應進口料件消耗備案清單、進口料件申請備案清單、出口成品申請備案清單計4張表格共三套蓋章后給企業，另還需請外經貿局出具《加工貿易加工企業生產能力證明》；
5、持進出口合同及加工貿易業務批準證（計三套）至當地進出口分局進行進料加工貿易備案（可由財務部門去辦理，以后進出口時財務部門要進行退免稅申報），進出口分局會在批準證上蓋章；
6、第1次辦理時，海關要交風險抵押金（正常為進口料件的關稅加增值稅），具體金額要問海關，風險抵押金到帳后，海關才受理辦理進料加工登記手冊，受理后還要按照海關要求至指定銀行辦理海關保證金臺帳。
7、持1、進出口合同；2、加工貿易業務批準證（進出口分局已蓋章）；3、外資企業批準證書復印件；4、營業執照復印件；5、稅務登記證復印件；6、銀行開戶證明、7、報關專用章印模；8、企業報關注冊證明；9、加工貿易加工企業生產能力證明；10、經營企業法人委托經辦人員辦理合同備案的委托書；11、公司章程；12、空白《加工貿易登記手冊》（至海關購買后蓋章）；13、加工合同備案呈報表（由預錄入服務單位——報關行打印）及當地海關規定的其它資料去海關辦理手冊。（以上資料都要帶原件去海關，海關要進行審核）
在辦理這些手續前要先向海關申請辦理進料加工貿易備案，海關要至公司驗廠
二、進口料件時報關
程序和一般貿易形式下的報關大致相同，只不過要附加手冊。同時注意報關單是粉紅色的。

三、進料加工復出口報關
填寫粉紅色的報關單，貿易方式為進料加工，出口的成品要和手冊上填寫的完全一致