1、《條例》規定的知識產權海關保護依職權保護執法模式(主動模式)主要有以下程序：
(1)知識產權備案; 報關員考試
(2)海關發現侵權嫌疑貨物后通知權利人;
(3)權利人提出扣留侵權嫌疑貨物的申請;
(4)海關對貨物的侵權狀況等進行調查認定;
(5)海關沒收侵權貨物或者協助人民法院對貨物進行司法扣押;
(6)對沒收的侵權貨物進行處置。
2、《條例》規定的知識產權海關保護依申請保護執法模式(被動模式)主要有以下程序：
(1)權利人發現侵權嫌疑貨物后向海關申請扣留;
(2)海關扣留侵權嫌疑貨物;
(3)海關在扣留20個工作日內協助人民法院對貨物進行司法扣押或者放行貨物。