知識產權海關保護備案，是指知識產權權利人，按照《知識產權海關保護條例》的規定，將其知識產權的法律狀況、有關貨物的情況、知識產權合法使用情況和侵權貨物進出口情況以書面形式通知海關總署，以便海關在對進出口貨物的監管過程中能夠主動對有關知識產權實施保護。
根據1995年頒布的《知識產權海關保護條例》，知識產權備案是知識產權權利人向海關尋求保護的前提條件。2003年12月修訂的《知識產權海關保護條例》對此進行了修改，不再要求知識產權權利人在向海關申請保護前必須進行知識產權備案。但是，對某些知識產權權利人而言，例如商標專用權權利人，備案與否有很大的差異，主要體現在：
(一)是海關采取主動保護措施的前提條件。根據《條例》的規定，知識產權權利人如果事先沒有將其知識產權向海關備案，海關發現侵權貨物即將進出境，也沒有權力主動中止其進出口，也無權對侵權貨物進行調查處理;
(二)有助于海關發現侵權貨物。盡管根據《條例》的規定，知識產權權利人在進行備案后，仍然需要在發現侵權貨物即將進出境時向有關海關提出采取保護措施的申請，但是，從實踐看，海關能否發現侵權貨物，主要依賴于海關對有關貨物的查驗。由于知識產權權利人在備案時，需要提供有關知識產權的法律狀況、權利人的聯系方式、合法使用知識產權情況、侵權嫌疑貨物情況、有關圖片和照片等情況，使海關有可能在日常監管過程中發現侵權嫌疑貨物并主動予以扣留。所以，事先進行知識產權備案，可以使權利人的合法權益得到及時的保護;
(三)知識產權權利人的經濟負擔較輕。根據海關總署有關《知識產權海關保護條例》的實施辦法規定，在海關依職權保護模式下，知識產權權利人向海關提供的擔保最高不超過人民幣10萬元。如果知識產權權利人事先未進行知識產權備案，則不能享受上述待遇，必須提供與其要求扣留的貨物等值的擔保;
(四)可以對侵權人產生震懾作用。由于海關對進出口侵權貨物予以沒收并給予進出口企業行政處罰，盡早進行知識產權備案，可以對那些過去毫無顧忌地進出口侵權貨物的企業產生警告和震懾作用，促使其自覺地尊重有關知識產權。此外，有些并非惡意出口侵權產品的企業也可能通過查詢備案，了解其承攬加工和出口的貨物是否可能構成侵權。