巴西海關(guān)事務由財政部下屬的聯(lián)邦稅務總局負責。
巴西海關(guān)的主要職責包括：制定和執(zhí)行海關(guān)政策，監(jiān)督檢查外貿(mào)法規(guī)的執(zhí)行情況；征收關(guān)稅；實施進口貨物事后稽查；實施海關(guān)監(jiān)管制度；組織反傾銷調(diào)查；實施知識產(chǎn)權(quán)邊境保護和對貨幣進出境進行監(jiān)管等。
聯(lián)邦稅務總局國務秘書（副部級）是海關(guān)最高領(lǐng)導人，1名副國務秘書分管海關(guān)事務。全國稅務與海關(guān)分為10個納稅區(qū)，有的管理海關(guān)事務，有的沒有海關(guān)事務。
聯(lián)邦稅務總局系統(tǒng)共有25000人，其中海關(guān)人員有3947人（管理人員2310人、技術(shù)人員1637人）。除在聯(lián)邦稅務與海關(guān)總局負責海關(guān)事務的人員79人外，其他人員分布在全國59個內(nèi)陸口岸、56個邊境保稅（區(qū)）倉、94個港口和29個機場免稅店、29個快件監(jiān)管場所。全國共有502個海關(guān)監(jiān)管點。如，在內(nèi)陸口岸阿那坡里斯有2名海關(guān)人員，桑托斯海關(guān)有325人。
根據(jù)聯(lián)邦稅務與海關(guān)總局制定的海關(guān)條例，所有貨物的報關(guān)程序均需通過“巴西外貿(mào)網(wǎng)”(SISCOMEX)進行。貨物申報單在該網(wǎng)立案之日起即為報關(guān)程序的開始，該網(wǎng)正式通知貨物通關(guān)授權(quán)之日起即為報關(guān)程序的結(jié)束。申請者通過該網(wǎng)可隨時在電腦上查看報關(guān)程序的進展情況。
巴西海關(guān)對報關(guān)進出口貨物實行抽檢的方式，即按照綠色、黃色、紅色三種不同顏色的通道分類處理。
1、綠色通道，即報關(guān)貨物可全部免檢，并自動通關(guān)。約有64%的進口貨物、80%的出口貨物通過這一通道報關(guān)進出口；
2、黃色通道，即僅檢查報關(guān)文件，經(jīng)核實后，貨物自動通關(guān)。約有17.3%的進口貨物、19%的出口貨物通過這一通道報關(guān)進出口；
3、紅色通道，即報關(guān)文件和貨物均需經(jīng)過檢查后方能通關(guān)。約有18.2%的進口貨物、1%的出口貨物通過這一通道報關(guān)進出口。另外，進口貨物還有灰色通道，即產(chǎn)品經(jīng)過容許后才能訂貨和報關(guān)進口，約占進口貨物總量的0.5%。