根據《國務院關于機構設置的通知》（國發〔１９９８〕５號），設置海關總署（正部級），為國務院直屬機構。海關總署是國務院主管海關工作的行政執法機構。
一、職能調整
（一）劃入的職能。
１．撤銷國家口岸辦公室，將其口岸規劃、審理等職能交給海關總署承擔。
２．撤銷全國打擊走私領導小組，其職能交給海關總署承擔，由海關總署統一負責打擊走私工作。
３．將原由對外貿易經濟合作部負責的出口商品原產地規則協調管理職能，交給海關總署承擔。
４．將原由國務院關稅稅則委員會負責的有關立法調查研究工作、稅法起草工作和稅法執行過程中的一般性解釋工作，交給海關總署承擔。
（二）轉變的職能。
１．取消原國家口岸辦公室有關指導地方口岸管理的職能。
２．將海關車船、服裝、計算機、檢查設備等裝備的購置及建造和實施教育培訓計劃及機關事務管理職能，交給總置直屬事業單位承擔。
二、主要職責
根據以上職能調整，海關總署的主要職責是：
（一）研究擬定海關工作的方針、政策、法律、法規和發展規劃并組織實施和監督檢查。
（二）研究擬定關稅征管條例及實施細則，組織實施進出口關稅及其他稅費的征收管理，依法執行反傾銷、反補貼措施。
（三）組織實施進出境運輸工具、貨物、行郵物品和其他物品的監管，研究擬定加工貿易、保稅區、保稅倉庫、保稅工廠及其他保稅業務的監管制度并組織實施。
（四）研究擬定進出口商品分類目錄，擬定進出口商品原產地規則，組織實施知識產權海關保護。
（五）編制國家進出口貿易統計，發布國家進出口貿易統計信息。
（六）統一負責打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實施海關輯私，負責對走私犯罪案件進行偵查、拘留、執行逮捕、預審工作。
（七）制定海關稽查規章制度，組織實施海關稽查。
（八）研究擬定口岸對外開放的整體規劃及口岸規范的具體措施和辦法，審理口岸開放。
（九）垂直管理全國海關，管理全國海關的組織機構、人員編制、工資福利、教育培訓及署管干部任免。
（十）研究擬定海關科技發展規劃，組織實施海關信息化管理，管理全國海關經費、固定資產和基本建設。
（十一）開展海關領域的國際合作與交流。
（十二）承辦國務院交辦的其他事項。
根據國務院規定，管理國家出入境檢驗檢疫局。
三、內設機構
根據上述職責，海關總署設１０個職能司（局、廳）：
（一）辦公廳（口岸規劃辦公室）
協助署領導研究擬定海關工作的方針政策和發展規劃，組織政策研究；負責綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會議、新聞宣傳、辦公自動化、督查督辦和文書檔案管理；研究提出各類對外開放口岸的整體規劃及口岸規范的具體措施并組織實施，組織協調口岸通關中各有關部門的工作關系。

[1] [2]