拼箱貨比整箱貨的通關手續更復雜，花費的時間更長。其一，整箱貨正好符合出口和進口國家的海關查驗、封關、放行的最小單位，一批貨物，只要出口人和進口人提交的單據合理合法并且完整無缺，出口海關和進口海關辦妥相關手續和征收相關稅費以后，均會很快予以通關放行。而拼箱貨就不會有這么簡單和快捷。只要集裝箱里的貨物有一票貨物的單證出了紕漏，出口海關就不會對該貨物放行。因為出口海關必須對出關的集裝箱做好關封以后才允許載貨集裝箱出境。因此，同一個集裝箱里，任何一家貨物不通關，勢必影響其它貨物的及時出口和運輸。其二，拼箱貨物遠不如整箱貨物的貨源廣泛和靈活性，它需要運輸公司額外招攬并合理搭配一些裝運港、目的港、交貨期、貨物的品種、體積、重量等各方面的條件都很適宜配進同一個集裝箱的出口貨物。這些要求做起來難度很大，需要的時間也比較長。如果貨主托運的運輸公司經營能力不強，那么，貨物運輸的時間還會拖延得更長。其三，在一般情況下，整箱貨物可以直接在內地口岸裝運，而拼箱貨物因為內地貨源相對較少，沿海貨源相對較多的因素，只適合在發達的沿海口岸交貨。這無疑又會給出口人增添許多額外的麻煩。按照我國政府的有關規定，出口貨物必須通過生產所在地和出口報關所在地的商檢局檢驗。如果貨物在生產所在地的省（自治區、直轄市）所轄范圍內的本地報關出口，則一批貨物只需辦理一次商檢就可以了。否則，如系異地報關，一批法定檢驗的出口商品，必須經過兩處檢驗，海關才會予以放行。    

　拼箱貨比整箱貨的費用更大。在通常情況下，海運貨物中整箱貨運輸的運雜費用一般包括運費、運輸附加費和港雜費三項。拼箱貨與整箱貨的運費及運輸附加費應該是一樣的，其費用的差別只在于運輸貨物在裝運港的拼裝以及在目的港的拆箱等項費用上。按理，這兩筆費用也不應該很大，但是，由于世界各國、各地區之間的勞務費用水平千差萬別，而出口人對于那些具體的差別又知之甚少，甚至完全不知，本來拼箱貨比整箱貨的運雜費用，在整體一致的基礎上再加上一定比例的拼箱、拆箱費和存倉費用就很合理了，但承運人為了賺取更高的利潤，往往運用“模糊學”的手段，在報價里并不具體列明什么項目收費多少，而只是籠統地按那個種類的商品運到哪個目的港按每個運費噸收多少，港雜費則更是臨時隨口報出，并且說多少就是多少，承運人根本沒有解釋的義務，托運人更沒有討價還價的余地，收費多少視具體情況而定。另外，還應該看到，進出口商品貿易，每一筆交易數量和總值越大，交易成本就越低，反之，數量和總值越小，交易成本就越高。與整箱貨比較，拼箱貨的數量和總值一般都比較小，因此，從這一角度去核算，拼箱貨的交易成本肯定要比整箱貨高。這是因為，成交貨樣的成本和郵寄費，傳真、電話等通信費用，信用證的通知費、進出口貨物的報關費、產地證的辦證費等，都是按份數而不是按該筆生意金額的大小來收取的。這些業務費用最終分攤到交易成本中時，交易量大的單位成本所分攤的份額就小，交易量小的單位成本所分攤的份額就大，我們對此應該做到胸中有數。