該系統共分為出入境口岸衛生監督電子監管系統、出入境人員電子監管系統、醫學媒介電子監管系統、特殊物品電子監管系統等四大板塊。
    系統功能涵蓋衛生檢疫的所有業務，為疫情快速發現、快速報告、快速反饋、快速控制提供了一個嶄新的操作平臺。基本實現了檢疫查驗、疾病監測活動與國家疾病 預防與控制系統整體聯動。加強了口岸疾病監測網絡體系建設;將口岸傳染病的查驗、檢測融入國家整體疾病預防控制體系之中，使口岸衛生檢疫對疾病的預防和控 制作用得到最大程度的發揮。 
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