許多公司的職員發財回到英國后建立了自己的不動產、企業和獲得了政治權利。在英國國會中公司建立了一支自己的說客隊伍。但一些原來與東印度公司協助的有野心的商人也對公司施加壓力，他們希望能夠在印度建立自己的私人公司。在這些壓力下，1694年國會通過了一個非管制法案。這個法案允許任何英國公司與印度貿易，除非國會通過法案禁止該貿易。這樣英國國會實際上取消了施行了約100年的許可狀。

1698年國會通過法律建立了一個平行的u201c東印度公司u201d（官方名字為u201c英國東印度貿易公司u201d）這個公司擁有國家保障的二百萬英鎊的資金。但舊公司強大的分股人很快就購買了31.5萬英鎊的新公司的股份，這樣他們就在新公司中占多數了。兩個公司在英國和在印度抗爭了一段時間，都想獲得貿易的主宰地位。但很快就看得出老公司實際上幾乎沒有遇到任何競爭。

最后兩個公司于1702年合并，同時參加合并的還有政府的一些機構和兩個其它公司。這個新公司向政府出借了320萬英鎊，作為交換獲得了此后三年的獨一特權。這個合并公司的全名為u201c英格蘭商人東印度貿易聯合公司u201d。

此后幾十年中國會和東印度公司之間不斷爭戰，公司希望自己成為一個永久性的設施，而國會則不放過任何機會來占用公司的財富而同時不使它獲得更大的自主權。

1712年雖然政府還清了它的債，但仍立了一條法律重申了公司的地位。

1720年英國15%的進口來自印度，幾乎所有進口通過東印度公司。

公司通過其說客它再次保證了其影響，1730年公司的許可狀被延長到1766年。

此時英國和法國成為了大敵。兩國之間常常為控制殖民地而發生小戰爭。

1742年，由于政府懼怕戰爭會導致財政困難，同意將東印度公司的許可證的期限延長到1783年，代價是公司向政府再貸款100萬英鎊。最后小沖突真的導致了戰爭。從1754年到1763年在七年戰爭中，英國的主要注意力集中在加固其在歐洲和北美洲的土地。戰爭也波及到印度。公司軍隊與法軍在那里爆發沖突。與此同時英國通過工業革命超過了它的歐洲競爭者。由于戰時軍隊和經濟的補給需要與印度的貿易大增，同時英國獲得原材料的能力和生產方式的效率也提高了。其結果是英國人的生活水平提高。這個富強導致的生產和需求又提高了它對遠洋貿易的需要。東印度公司成為英國對世界市場的單一最大占有者，并對政府施政加以影響。

威廉·派恩在他1808年的書《倫敦的微觀世界》中寫道：

u201c1801年3月1日，東印度公司欠債5,393,989英鎊，擁有動產15,404,736英鎊，其銷售從1793年2月從4,988,300英鎊提高到現時的7,602,041英鎊。u201d

自17世紀中期，東印度公司開始涉足硝石貿易。由于硝石是制造火藥的原料，因此英國軍隊對硝石的需求十分殷切，而英皇每次訂下的合約往往需要上數百噸的硝石，東印度公司則可從中賺上數萬鎊。公司其中一位總督甚至曾經在1864年說到，從賣硝石賺的錢比課鹽稅還要高。

在這段時期，東印度公司于中國、印度和英國建立了一條呈三角關系的貿易航線，好使英國從當地進口茶葉和絲綢。