總統為武裝力量最高統帥。國防委員會為最高軍事決策機構，總統任主席。最高軍事指揮機構是武裝力量聯合指揮部，直屬總統領導，成員為三軍司令，并輪流擔任主席。現任聯指司令塞薩爾·阿斯圖迪略·薩爾塞多（César nASTUDILLO Salcedo），陸軍司令曼努埃爾·戈麥斯·德拉托雷（Manuel Gómez De La nTorre），海軍司令里卡多·阿方索·梅嫩德斯·卡列（Ricardo Alfonso Menéndez nCalle），空軍司令魯道夫·亞歷杭德羅·佩雷拉（Rodolfo Alejandro nPereyra），國民警察司令塞薩爾·奧古斯托·塞萬提斯·卡德納斯（César Augusto Cervantes Cárdenas n）。秘魯實行義務兵制，服役期兩年。

1947年，秘魯加入美洲國家軍事體系。1952年，秘魯與美國又簽訂了雙邊防御協定等軍事協定，但是后續的政變導致與美國軍事關系中斷。50年代初期秘魯開始創建小型軍事工業，主要以修理武器裝備為主。1968年10月，胡安·貝拉斯科將軍政變上臺后，軍政府投入大量資金開展軍工生產，至今有些項目已經形成了相當規模的生產能力，已經有軍方直屬醫藥廠和汽車修理廠、彈藥廠、通信設備廠、坦克和直升機修理廠、軍服廠，但是大致而言集中在后勤零件和彈藥自制，依然沒有大型武器自制能力，多數武器還是采購俄制產品為主，

秘魯的軍力以防御為主，雖然規模不大，但是擁有20世紀80年代向德國購入的多艘209型潛艇，至今仍有不錯的靜音能力，以及10多架米格29、10多架幻象2000，使其成為中美洲一支讓他國有所忌憚的軍事力量。

2009年秘三軍總兵力10.1867萬人。

陸軍6.2057萬人，下轄4個軍區和一個臨時軍區，編有5個步兵旅、2個裝甲旅、2個摩托旅、2個山地旅、2個特種旅、1個叢林旅、1個陸航旅和1個縱隊。

海軍2.291萬人，設有5個海區，擁有現役巡洋艦1艘、導彈驅逐艦8艘、導彈護衛艦6艘、潛艇6艘、巡邏艇59艘等。

空軍1.69萬人，編有4個飛行聯隊，1個訓練司令部。自20世紀70年代引進蘇聯飛機；1989年購買法國幻影-2000截擊機12架；1992年從尼加拉瓜購進蘇制武裝直升飛機19架，1996年從烏克蘭購進米格-29戰機10架。1998年采購蘇-25戰機18架。

另有約10萬國民警察組成的準軍事部隊。

2016年秘三軍總兵力11.7萬人，預備役38.6萬人。陸軍7.1萬人，海軍2.7萬人，空軍1.9萬人。另有約10萬國民警察組成的警察部隊。

2016年，國防預算14.1億美元。^[1]