作為東部生態軸的重要節點，廣州大學城已形成完備的立體交通網絡。

1 公交：20余條公交線路。連接島內外線路：35、番52、86、252、306、310、332、565、夜48、夜50，大學城專線1至6，廣東科學中心專線1，純電動公交試驗線路801路。島內線路：380A、381、382、383、384、387等。

2 地鐵4號線：島內設廣州地鐵大學城北、大學城南2站。從廣州南站可以乘坐地鐵二號線到昌崗轉地鐵八號線再到萬勝圍轉地鐵四號線到大學城。從廣州火車站、廣州汽車客運站、廣東省汽車客運站、或滘口汽車客運站可以乘坐地鐵五號線到車陂南轉地鐵四號線到大學城。從廣州東站、廣州東站汽車客運站、廣州天河客運站或廣州白云機場可以乘坐地鐵三號線到客村轉地鐵八號線再到萬勝圍轉地鐵四號線到大學城。

3 地鐵7號線：位于大學城南站，直達廣州南站，接駁京廣高鐵、廣深高鐵、廣珠輕軌。在建，2015年開通。

4 地鐵12號線：位于大學城南站，直達客村、濱江東、二沙島、烈士陵園、建設六馬路、淘金。已規劃，預計2020年開通。

5 侖頭隧道：位于大學城北側，接駁科韻路、新滘東路、環城高速等多條道路。

6 南沙港快速：位于大學城西側，廣美、華師附近出入口，直達南沙、中山、珠海。

7京港澳高速(京珠高速公路）延長線：位于大學城東側，廣中醫附近長洲出入口，在建。

8 新造隧道：位于中八路與外環路交匯處，直達廣州國際創新城啟動區（大學城二期），已規劃。

9 南洲路延長線：位于現小洲便橋，將接駁海珠環島路，直達海珠生態城，已招標。

10 洛溪隧道：位于大學城西端廣東科學中心附近，直達洛溪島，遠期規劃。

11 水上BRT：中大碼頭-大學城碼頭，預計2016年通航。現有輪渡至新造、黃埔。

12 游艇：位于大學城北側生物島。《廣東省濱海旅游發展規劃（2011-2020年）》規劃建設廣東四大游艇基地：廣州南沙、生物島、珠海平沙和深圳大鵬灣。