根據上述職能，全椒縣商務局設5個職能股室：
(一)人秘股
負責局機關的日常行政管理，處理局機關的日常政務，綜合協調局機關日常工作，協調機關各股工作關系，擬定機關各項工作制度，起草有關文件和報告，負責會議組織、黨務、文電處理、保衛、信訪、安全、文檔、保密及機關事務管理等工作；負責局機關計劃生育工作和精神文明建設;負責局機關單位機構編制和人事管理工作；負責局機關工資福利等工作；負責局機關離、退休人員的管理和服務工作。
人秘股設股長1人，辦事員2人。

(二)規劃財務股
研究編制全縣內外經貿中長期計劃及年度計劃調控目標；負責國內外貿易和國際經濟合作宏觀運行狀況的監測分析；執行和落實省、市國內外貿易、國際經濟合作和利用外資的各項促進措施，申報、管理和監督縣商貿流通發展專項資金、外貿發展資金和國家、省、市扶持我縣商貿發展的各類專項資金；貫徹落實國家出口退稅等促進對外貿易的財稅金融政策，辦理出口退稅稽核；指導外經貿企業的外匯管理和核銷工作。負責全縣內外貿易統計工作；負責局機關總預算的編制上報及執行情況的監督和經費收支管理；負責本系統國有資產的管理監督；指導企業內部審計、協調處理重要審計事項，并開展各類專項審計工作。
參與上級商務部門組織的產業損害調查，建立產業損害預警機制；指導、協調國外對我縣出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施及其他與進出口公平貿易相關的工作；負責涉及世貿組織有關事務的協調、指導和服務工作。審議企業改革方案；承辦有關行政復議和行政訴訟工作，配合有關部門開展普法教育和法規宣傳工作。
規劃財務股設股長1人，辦事員3人
(三)外經貿股
組織和指導企業參加境內外各類貿易促進活動，指導和協調對外貿易促進體系建設。負責企業對外貿易經營備案登記，研究并制訂外向產業發展規劃，擬訂促進外貿基地建設的政策措施，推動出口產品國際認證和商標注冊，指導出口品牌建設。
負責重要工業品、原材料、農產品的進出口管理，負責全縣加工貿易的管理上報工作。
貫徹執行國家機電產品進出口政策和法規，執行我省機電產品進出口成套設備出口政策措施，協調、指導全縣機電產品進出口工作。負責全縣機電產品技術更新改造、研發等項目的申報。
管理全市對外承包工程、勞務合作、服務貿易出口等對外經濟合作業務。負責企業經濟合作經營資格和援外項目的申報工作。
貫徹執行國家技術貿易的政策、規章，推進科技興貿戰略，執行國家出口管制政策、規章。
宏觀指導全縣外商投資工作，研究全縣外商投資情況，指導和管理全縣利用外資工作，擬訂和實施利用外資政策，編制下達和組織執行外商投資發展戰略和中長期規劃；指導和管理全縣外商投資企業設立、變更及有關經營事項的審批或申報工作；牽頭協調外商投資企業聯合年檢工作；負責審批授權范圍內的外商投資項目合同、章程，發放批準證書，審批外商投資企業進出口設備清單；審理、轉報限額以上、限制類和涉及配額、許可證管理的外商投資企業的設立；負責外商投資企業享受優惠政策工作和外商投訴工作。
外經貿股設股長1人，辦事員2人
(四)市場建設和管理股
起草健全、規范流通領域市場體系的規范性文件；協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作；提出引導國內外資金投向市場體系建設的意見，指導城市商業體系建設，推進農村市場體系建設；會同有關部門規劃、指導全縣商品市場、拍賣市場、舊貨經營市場、實物租賃業、商業網點建設；配合有關部門擬訂大宗產品批發市場規劃工作；負責餐飲業、住宿業的行業管理；按有關規定對拍賣、典當、租賃、舊貨流通等特殊流通行業的流通活動進行監督管理；按有關規定對繭絲綢、成品油、煤炭流通進行監督管理，指導報廢汽車管理工作。
監測縣內市場運行和重要商品供求狀況；負責市場預測、預警和信息發布；研究提出市場運行和調控方面的政策建議，協調解決市場運行中的有關重大問題；負責重要消費品（肉類、蛋、菜、食糖等）儲備的管理和市場調控；負責畜禽定點屠宰相關工作；提出流通服務業的發展戰略、行業規劃和政策；貫徹國家優化流通產業結構政策，組織實施全縣連鎖經營、物流配送、電子商務等現代流通方式，組織全縣重要性展覽、展銷活動；組織指導全縣商貿企業經濟技術協作、產業損害調查工作。
市場建設和管理股設股長1人，辦事員3人
(五)綜合服務股
負責外商投資企業設立及變更申報核準，與境外合資、合作舉辦社會福利機構的申報審批；拍賣企業設立的許可證初審和報批；報廢汽車回收企業資格認定；石油成品油倉儲、零售經營資格初審報批及批發經營資格初審；鮮繭收購資格認定；非重點敏感商品加工貿易合同審批；u201c萬村千鄉u201d市場工程試點企業核準；因公出國（境）經貿團組初審報批；外商投資企業出口商品配額初審；進口商品配額審核；出口商品配額（含紡織品、白銀、活豬、活牛）初審；進口重點舊機電產品初審；機電產品國際招標資格初審；對外援助成套項目實施企業資格初核；對外援助物質項目實施企業資格初核；對外勞務合作及工程承包經營資格初審；外派勞務項目審查及港澳臺地區勞務項目審核；對外承包項目貸款財政貼息審核；典當行及分支機構設立初審；繅絲絹紡企業準產證初審；重點農產品批發市場、重點農產品流通企業初審；直銷經營許可申請轉報、直銷企業保證金使用申請轉報、企業直銷培訓及考試年報轉報備案；出口機電產品技術更新改造貸款貼息資金項目審核；一般貨物自動出口許可申報，一般貨物自動進口許可申報；技術出口合同登記；軟件出口合同登記；機電產品自動進口許可申報；機電產品國際招標文件備案；外商投資企業自動進口許可申報；汽車品牌經銷商備案；酒類流通備案登記；參與外商投資先進技術企業、產品出口企業確認；參與酒家酒店等級評定；參與農產品批發標準化市場評審；中小企業國際市場開拓資金項目初審報批；進、出境貨物報檢等相關行政許可、非行政許可和服務項目的各種工作。負責與審批工作相關的咨詢、服務工作；負責本部門駐行政服務中心窗口的運行管理。負責所屬企業改革的方案制定、報批和實施工作。
綜合服務股設股長1人，辦事員3人