代理報檢單位注冊登記主要包括提出申請、直屬局受理、直屬局初審、國家質檢總局審批四個主要工作環節。
　　（一）申請
　　代理報檢單位注冊登記實行網上申請、書面確認的方式，符合資格條件的代理報檢單位須通過中國電子檢驗檢疫業務網（www.eciq.cn）提交申請，并在規定的申請時間內向所在地檢驗檢疫機構提交申請及所需材料。
　　（二）受理
　　各地直屬檢驗檢疫局對申請單位提出的代理報檢單位注冊登記申請進行網上及書面審核，重點審查申請單位提交的材料是否齊全、是否符合法定形式，根據審查結果決定是否予以受理。予以受理的，直屬檢驗檢疫局向申請單位應當當場或五個工作日內出具受理決定書，不予以受理的，出具不予受理決定書。
　　（三）初審
　　直屬檢驗檢疫局對申請單位的申請進行初審，包括材料的審查和現場核查，直屬檢驗檢疫局要指派兩名工作人員對申請單位申請材料的實質內容進行現場核查，根據綜合審核情況，提出初審意見。
　　（四）審批
　　經直屬檢驗檢疫局初審后，符合條件的上報國家質檢總局審核，直屬檢驗檢疫局將根據國家質檢總局是審批意見作出準予許可或不準予許可的決定，準予許可的在10個工作日內頒發《代理報檢單位注冊登記證書》，不予許可的，書面說明理由，出具不予行政許可決定書。

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